민주노동당은 간첩단 사건과 관련, “이번 사건에 대해 단 한 차례도 국정원의 공식 브리핑이 없었으나, 그럼에도 국정원장은 간첩단으로 규정지었고, 간첩단 사건으로 보도되고 있다”며 불쾌감을 나타냈다.

정호진 부대변인은 1일 논평에서 “민주노동당을 겨냥한 기획 수사 의혹은 애초부터 제기 했었던 바”라면서 “국정원 관계자의 무리한 수사 고백만 보더라도 민주노동당이 주장하듯 국정원 대공팀은 당장 해체되어야 한다”고 주장했다.

이날 <한겨레신문>에 따르면 국정원 핵심관계자는 “이번 사건을 오랫동안 감시하고 수사해 온 국정원 수사 실무진에서는 최근까지 수집된 증거로 보면 국가보안법상 회합·통신죄 정도라고 판단했다”고 밝힌 것으로 알려졌다. 또 “김승규 원장이 추가 수사의 필요성을 제기한 실무진 의견을 물리치고 검찰에 구속영장을 청구하도록 했다”고 전했다.

한편 정 부대변인은 ‘무죄추정의 원칙’에 대해 언급하며 한나라당 나경원 대변인을 향해 “법을 너무나도 잘 알고 계시는 분이 도리어 법을 무시해 가며, 오직 한나라당의 당리당략만 바라보며 국민들을 선동하고 있다”며 “판사에서 정치인으로 변신했다고 법 정신도 팽개치는 정치 팔색조인가”라며 맹비난했다.

한편 이날 청와대가 발표한 외교안보라인에 대해 민주노동당은 “‘코드 인사’ ‘오기 인사’ 하며 외교안보 라인 개각에 대한 말들이 쏟아지고 있지만 “‘평화기조’를 원칙으로 한다면 코드인사는 문제가 되지 않는다”고 일축했다.