한나라당은 386간첩단 사건이 발표로 인해 김승규 국가정보원장이 사의 표명과 관련해 의혹을 제기하며 김 국정원장의 유임과 철저한 수사를 촉구했다.

한나라당 강재섭 대표는 30일 최고위원 회의에서 "이번 사건에 연루된 인사들은 그동안 여중생 사망 촛불집회, 평택 미군기지 및 한미 FTA 반대 시위 등의 배후에서 반미감정을 부추긴 것으로 드러났다"며 "이번 간첩단 사건은 국가보안법이 왜 필요한지, 한나라당이 왜 그토록 지키려고 노력했는지를 보여준다"고 주장했다.

강 대표는 "정부가 북한 심기를 건드리지 않으려고 간첩단 사건을 흐지부지하면 안된다"며 "간첩단 사건과 김승규 국정원장의 문제에도 의혹이 있어선 안 된다"고 말했다.

이어 정형근 최고위원도 "국정원 직원들이 옷 벗을 각오를 하고 이번 사건에 혼신의 노력을 기울이고 있다"며 "막중한 수사를 벌이고 있는 국정원장을 경질해선 안된다"고 요구했다.

정 최고위원은 “이번사건이 시사하는 의미는 굉장히 큰데 변호인단들이 동시에 시간대별로 와서 면회를 하면서 원만한 수사진행을 못하도록 하고 있고 여러 가지 대내외의 압력에 시달려 어려운 환경에 처해있다”고 주장했다.

또한 정 최고위원은 “그동안의 김승규 국정원장은 작전통제권 단독행사와 북 핵실험 이후의 금강산관광, 개성공단의 재검토 등 사건마다 정부의 핵심세력들과 충돌해서 왕따를 당하고 미운오리가 되어있다”며 “노대통령은 수사 도중에 국정원장이 수사를 잘 지휘할 수 있도록 뒷받침을 해주고 김 국정원장을 경질해서는 안된다”고 주문했다.